Приоритетный проект «Протеом человека» является развитием завершенного в 2001–2003 годах международного проекта «Геном человека» и направлен на генерацию знаний посредством применения постгеномных технологий. Приоритетный проект «Протеом человека» обеспечивает участие Российской Федерации в исполнении одноименного международного проекта.
Концепция выполнения Проекта подразделяет общий объем работ на две части. Первая часть проекта — участие России в международном проекте «Протеом человека» согласно целям и направлениям, согласованным с Международной организацией HUPO. Содержание этой части включает в себя идентификацию в биоматериале белков и пептидов, кодированных в 18-й хромосоме генома человека, и создание соответствующей приборно-методической базы.
Во вторую часть проекта входят проблемно-ориентированные исследования, проводимые в области протеомики для биомедицины в России. Основное внимание в рамках данной части направлено на обнаружение белковых биомаркеров для диагностики и мониторинга течения социально-значимых заболеваний, на поиск белков-мишеней действия лекарственных средств и на решение других, связанных со здравоохранением задач, реализуемых методами протеомики, и создание отечественной приборно-методической базы.